Harran Üniversitesi Ziraat Fakültesi, katılımcı, paylaşımcı, dinamik, şeffaf ve süreç odaklı bir yönetim modeli benimsemektedir. Fakültemizin yönetim yapısı, 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanunu ve Yükseköğretim Kurumlarının İdari Teşkilatları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname doğrultusunda şekillendirilmiştir. Fakültemizin yönetim organları; dekan, dekan yardımcıları, fakülte kurulu ve fakülte yönetim kurulundan oluşmaktadır .
Fakültemizin en üst yöneticisi olan dekan, fakültenin genel yönetiminden sorumlu olup, fakülte kurulu ve fakülte yönetim kuruluna başkanlık etmektedir. Fakültenin akademik karar organı olan fakülte kurulu, eğitim-öğretim, araştırma faaliyetleri ve akademik süreçlere ilişkin karar alma yetkisine sahiptir. Fakültemiz yönetim ve idari yapılanmasında katılımcı, gelişmelere açık, yenilikçi ve hesap verebilir bir yönetim anlayışını benimsemekte olup, bu doğrultuda bölümler, komisyonlar ve koordinatörlükler aracılığıyla süreç yönetimi sağlanmaktadır