Türkiye’de fen bilgisi öğretmenliğinin temelleri, Tanzimat Dönemi’nde modern eğitimin gelişmesiyle atılmıştır. 19. yüzyılın ikinci yarısında rüştiye ve idadîlerde fen dersleri okutulmaya başlanmış; bu dersleri verecek öğretmenlerin yetiştirilmesi amacıyla Darülmuallimin (öğretmen okulları) bünyesinde fizik, kimya ve tabiat derslerine yer verilmiştir.
Cumhuriyet’in ilanıyla birlikte fen öğretimi sistemli hâle getirilmiş; 1924’te kabul edilen Tevhid-i Tedrisat Kanunu ile öğretmen yetiştirme süreci millî bir yapıya kavuşmuştur. Gazi Terbiye Enstitüsü (1927) gibi kurumlar, fen alanında uzmanlaşmış öğretmenler yetiştirmeye başlamıştır.
1970’lerden itibaren eğitim fakülteleri yaygınlaşmış ve fen bilgisi öğretmenliği programları üniversitelerde lisans düzeyinde sunulmaya başlanmıştır. 1998 yılında YÖK ve Millî Eğitim Bakanlığı iş birliğiyle öğretmen yetiştirme programlarında yapılan köklü değişikliklerle birlikte "Fen Bilgisi Öğretmenliği" adı altında ayrı bir lisans programı oluşturulmuştur.
2000’li yıllardan itibaren yapılandırmacı yaklaşımlar, öğretim teknolojileri ve dijital araçlar programlara entegre edilmiştir. Günümüzde Türkiye'de fen bilgisi öğretmenliği, pedagojik, teknolojik ve alan bilgilerini bütünleştiren; araştırma temelli, öğrenci merkezli ve güncel eğitim yaklaşımlarını benimseyen bir program olarak yürütülmektedir.