Doktora programı; lisans veya tezli yüksek lisansa dayalı, öğrencilere bağımsız araştırma yapma, bilimsel olayları geniş ve derin bir bakış açısı ile irdeleyerek yorum yapma ve yeni sentezlere ulaşmak için gerekli adımları belirleme yeteneği kazandırmaya yönelik, yüksek lisans diplomasıyla kabul edilenler için azami on iki yarıyıl ve lisans diplomasıyla kabul edilenler için ise azami on dört yarıyıllık bir programdır.
Doktora programı, öğrenciye bağımsız araştırma yapma, bilimsel problemleri, verileri geniş ve derin bir bakış açısı ile irdeleyerek yorum yapma, analiz etme ve yeni sentezlere ulaşmak için gerekli becerileri kazandırır. (2) Doktora programı, tezli yüksek lisans derecesi ile kabul edilmiş öğrenciler için toplam yirmi bir krediden ve bir eğitim-öğretim dönemi 60 AKTS’den az olmamak koşuluyla en az yedi ders, seminer, yeterlik sınavı, tez önerisi ve tez çalışması olmak üzere en az 240 AKTS kredisinden oluşur. Lisans derecesiyle kabul edilmiş öğrenciler için de en az kırk iki kredilik 14 ders, seminer, yeterlik sınavı, tez önerisi ve tez çalışması olmak üzere toplam en az 300 AKTS kredisinden oluşur. (3) Seminer dersi, yalnızca bir defa, ilk yarıyılda ya da ikinci yarıyılda, danışman tarafından konusu belirlenerek verilir ve enstitüye akademik takvimde ilan edilen sürede anabilim dalı başkanlığı aracılığı ile bildirilir. Seminer konusu enstitü tarafından ilan edildikten sonra değiştirilemez. Seminer dersinde başarısız bulunan öğrenci, takip eden yarıyılda seminer dersini tekrar eder. Tekrar durumunda, danışmanın uygun görmesi ve enstitü müdürlüğünün onayı ile seminer konusu değiştirilebilir. Seminer dersinde başarılı olan öğrenci, seminer kitapçığını enstitü tez yazım kurallarına uygun olarak hazırlar ve orijinallik raporu ve beyan belgesini ekler, bu belge öğrenci ve danışmanı tarafından imzalanır. Seminer kitapçıkları, dönem sonlarında bir kopya olarak enstitüye gönderilir. Enstitü müdürlüğü şekil açısından uygun bulunanları kabul eder; uygun bulunmayanları 15 gün içerisinde gerekli değişiklikler yapılmak üzere öğrenciye iade eder. (4) Doktora programlarında enstitü anabilim dalı başkanlığının önerisi, Enstitü Yönetim Kurulu onayı ile diğer üniversitelerde verilmekte olan derslerden yüksek lisans derecesiyle kabul edilmiş öğrenciler için en fazla iki, lisans derecesiyle kabul edilmiş öğrenciler için en fazla dört ders seçilebilir. Ancak bununla ilgili önerilerin, derslerin alınacağı ilgili enstitünün kayıt dönemine uyulacak şekilde yapılması esastır. Öğrencinin burada almış ve başarmış olduğu dersleri, kredi yükümlülüğünden sayılır ve burada geçen süre de eğitim-öğretim süresine dahil edilir. (5) Lisans dersleri ders yüküne ve doktora kredisine sayılmaz. (6) Doktora programları ikinci öğretim olarak açılamaz. (7) Doktora çalışması sonunda hazırlanacak tezin, bilime yenilik getirme, yeni bir bilimsel yöntem geliştirme, bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulama niteliklerinden en az birini yerine getirmesi gerekir.
Doktora programına başvurabilmek için adayların; a) Tezli yüksek lisans diplomasına sahip olmaları ve başvurduğu programın puan türünde en az 55 ALES puanına sahip olmaları gerekir. b) Tıp, diş hekimliği, veteriner, eczacılık fakülteleri ile hazırlık sınıfları hariç en az on yarıyıl süreli lisans diplomasına veya Sağlık Bakanlığınca düzenlenen esaslara göre bir laboratuvar dalında kazanılan uzmanlık yetkisine sahip olmaları ve başvurduğu programın puan türünde en az 55 ALES puanına sahip olmaları gerekir. c) Lisans derecesiyle doktora programına başvuranların lisans mezuniyet not ortalamasının 4 üzerinden 3 veya muadili bir puan olması ve başvurduğu programın puan türünden en az 80 ALES puanı almaları zorunludur. (Lisans derecesiyle doktora programına başvurunun yapılıp yapılamayacağına, ilgili anabilim dalının görüşü üzerine Enstitü Yönetim Kurulunca karar verilir.) ç) Doktora programına öğrenci kabulünde anadilleri dışında YÖK tarafından kabul edilen YDS ile eşdeğerliği kabul edilen uluslararası yabancı dil sınavlarından en az 55 puan veya Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) tarafından eşdeğerliği kabul edilen uluslararası yabancı dil sınavlarından bu puan muadili bir puan alınması zorunludur. (2) Hazırlık sınıfları hariç, on yarıyıl süreli lisans eğitimi alanlar yüksek lisans derecesine sahip sayılır. (3) Adayın başarı puanı; ALES puanının %50’si, lisans not ortalamasının %10’u, (lisans derecesi ile başvuranlar için %25’i), tezli yüksek lisans mezuniyet not ortalamasının %15’i, yazılı ve/veya mülakat sonucunda yapılacak bilim sınavı notunun %25’inin toplamından oluşur. Adayın başarılı olması için hem başarı puanının hem de hesaplanan bilim sınavı notunun 70 ve üzeri olması gerekir. Başarı puanı veya bilim sınavı notu 70’ten daha düşük olanlar başarısız sayılırlar. Doktora başarı puanı 70 veya daha fazla olan adaylar, aldıkları puanlara göre sıralanarak ilan edilen kontenjan kadar asıl ve yedek adaylar belirlenir. Eşitlik halinde lisans mezuniyet notu yüksek olan adaya öncelik verilir.