Harran Üniversitesi Ziraat Fakültesi, 1978 yılında 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Dicle Üniversitesi’ne bağlı olarak kurulmuştur. Fakülte, 1981 yılında Tarla Bitkileri Bölümü’ne öğrenci alarak eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. 11 Temmuz 1992 tarih ve 21281 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 3837 sayılı Kanun ile Harran Üniversitesi kurulmuş ve Ziraat Fakültesi, bu yeni üniversite bünyesine dâhil edilmiştir.
Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Bölümü, ilk olarak Ziraat Mühendisliği lisans programı kapsamında uzmanlık alanı olarak faaliyet göstermiş; 2009 yılında Harran Üniversitesi Senatosu kararıyla bağımsız bir bölüm haline getirilmiş ve aynı yıl öğrenci kabulüne başlamıştır. 2010 yılında fakültenin Osmanbey Yerleşkesi’ne taşınmasıyla birlikte bölümün eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetleri bu yerleşkede sürdürülmektedir.
Bölüm, Güneydoğu Anadolu Projesi (GAP) kapsamındaki bölgesel tarımsal gelişmelere katkı sağlamak, toprakların sürdürülebilir yönetimi ve bitki besin elementi dinamiklerinin bilimsel esaslarla değerlendirilmesini sağlamak amacıyla kurulmuştur. Kuruluş vizyonu, bölgenin tarımsal potansiyelini ortaya çıkarmak ve çağdaş, çevreci, dijital tarım uygulamalarını benimseyen mühendisler yetiştirmektir.
Kuruluşundan bu yana bölüm, Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından onaylanan programlar çerçevesinde lisans, yüksek lisans ve doktora düzeylerinde eğitim vermektedir. Akademik yapılanması, dijital tarım altyapısı ve bölgesel iş birlikleriyle gelişimini sürdürmektedir.