Bölüm Başkan Yardımcıları işleyiş, görev, yetki ve sorumluluklar açısından 17609 Sayılı ve 18.02.1982 tarihli Üniversiteler Akademik Teşkilat Yönetmeliğine bağlıdır. Yönetmeliğin 14. ve 18. Maddesine göre;
- Bölüm başkanı bölümdeki öğretim üyelerinden iki kişiyi üç yıl için başkan yardımcısı olarak atayabilir. Bölüm başkanı gerekli gördüğünde yardımcılarını değiştirebilir. Bölüm başkanının görevi sona erdiğinde yardımcılarının görevleri de sona erer.
- Bölüm, anabilim, anasanat, bilim ve sanat dalı başkanları görevi başında bulunamayacağı süreler için yardımcıları veya öğretim üyelerinden birini vekil olarak bırakırlar. Herhangi bir nedenle altı aydan fazla ayrılmalarda kalan süreyi tamamlamak üzere aynı yöntemle yeni bir başkan atanır.