Bahçe Bitkileri Bölümü, akademik ve idari yönetimde etkin, şeffaf ve hesap verebilir bir yönetişim modeli benimsemektedir. Yönetişim yapısında, akademik personelin yanı sıra öğrencilerin ve dış paydaşların da katılımını sağlayan mekanizmalar geliştirilmektedir. Bölüm, fakülte bünyesinde yer alan diğer bölümlerle iş birliği içinde çalışarak eğitim-öğretim, araştırma ve toplumsal katkı faaliyetlerini bütüncül bir yaklaşımla yürütmektedir. Bölüm başkanı, kalite yönetimi süreçlerinin yürütülmesinde önemli bir rol üstlenmekte olup, aynı zamanda Anabilim Dalı Başkanlığı görevini de yürütmektedir. Akademik kurul, kalite komisyonları ve öğrenci temsilcileri gibi mekanizmalar, bölümün karar alma süreçlerinde aktif rol oynamaktadır.