Şanlıurfa’da kurulan ilk yükseköğretim birimi “Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu”dur.1976 yılında Dicle Üniversitesine bağlı olarak kurulmuştur. Daha sonra, 1978 yılında Dicle Üniversitesine bağlı Ziraat Fakültesi,1984 yılında Dicle Üniversitesine Mühendislik Fakültesi İnşaat Mühendisliği Bölümü ve 1988 yılında Gaziantep Üniversitesine bağlı İlahiyat Fakültesi kurulmuştur. Harran Üniversitesi Rektörlüğü 11.07.1992 tarihli ve 21281 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanun ile kurulmuştur ve bu birimler 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla Harran Üniversitesine bağlanmıştır. Ayrıca Fen-Edebiyat Fakültesi, Tıp Fakültesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü 11.07.1992 tarihli ve 21281 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanun ile Rektörlüğe bağlı olarak kurulmuştur.

Siverek Meslek Yüksekokulu, Hilvan Meslek Yüksekokulu, Suruç Meslek Yüksekokulu, Birecik Meslek Yüksekokulu, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Viranşehir Meslek Yüksekokulu ve Bozova Meslek Yüksekokulu 2547 sayılı kanunun 2880 sayılı kanunla değişik 7/d-2 maddesi uyarınca Yüksek Öğretim Kurulunun 16.09.1994 tarih ve 21785 sayılı yazısı ile kurulmuştur.

Veteriner Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi 21.07.1995 tarih ve 22350 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 04.07.1995 tarihli ve 95/7044 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur.

Akçakale Meslek Yüksekokulu ve Ceylanpınar Meslek Yüksekokulu 2547 sayılı kanunun 2880 sayılı kanunla değişik 7/d-2 maddesi uyarınca Yüksek Öğretim Kurulunun 07.09.1995 tarih ve 1869/17819 sayılı yazısı ile kurulmuştur.

Sağlık Yüksekokulu 02.11.1996 tarih ve 22805 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 10.10.1996 tarihli ve 96/8655 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur. 1996 yılında Kahta Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. Ancak, Kahta Meslek Yüksekokulu 01.03.2006 tarih ve 5467 sayılı kanunla kurulan Adıyaman Üniversitesi’ne bağlanmıştır.

Eğitim Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Turizm ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu 29.07.2007 tarih ve 26597 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 26.06.2007 tarih ve 2007/12400 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur.

Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu 05.12.2007 tarih ve 26721 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan 02.11.2007 tarih ve 2007/12786 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur.

Devlet Konservatuarı Yüksek Öğretim Genel Kurulunun 30.11.2011 tarihli kararıyla 2547 sayılı kanunun 2880 sayılı kanunla değişik 7/d-2 maddesi uyarınca kurulmuştur.

Yabancı Diller Yüksekokulu 23.06.2012 tarih ve 28332 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 24.05.2012 tarih ve 2012/3243 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur.

Viranşehir Sağlık Yüksekokulu 08.09.2012 tarih ve 28405 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 25.07.2012 tarih ve 2012/3527 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur.

Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu 2547 sayılı kanunun 2880 sayılı kanunla değişik 7/d-2 maddesi uyarınca 25.08.2011 tarihli Yüksek Öğretim Kurulu kararı gereğince Şanlıurfa Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu ve Şanlıurfa Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu olarak ikiye ayrılmış ve 2012 yılında faaliyete geçmiştir.

Mühendislik ve Doğa Bilimler Fakültesi 25.11.2012 tarih ve 28478 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 22.10.2012 tarih ve 2012/3902 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur.

Siverek Uygulamalı Bilimler Fakültesi 05.06.2015 tarih ve 29377 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 25.05.2015 tarih ve 2015/7723 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur.

Diş Hekimliği Fakültesi Resmi Gazetede yayımlanan 20.08.2015 tarih ve 2015/8052 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur.

Sağlık Yüksekokulu 25.01.2016 tarihli ve 2016/8562 sayılı Bakanlar Kurulu kararıyla Sağlık Bilimleri Fakültesi’ne dönüşmüştür.

Halfeti Meslek Yüksekokulu 2547 sayılı kanunun 2880 sayılı kanunla değişik 7/d-2 maddesi uyarınca Yüksek Öğretim Kurulunun 07.12.2017 tarih ve 86028 sayılı yazısı ile kurulmuştur.
Harran Meslek Yüksekokulu 2547 sayılı kanunun 2880 sayılı kanunla değişik 7/d-2 maddesi uyarınca Yüksek Öğretim Kurulunun 12.04.2018 tarih ve 30087 sayılı yazısı ile kurulmuştur.

Üniversitemiz bugün 13 Fakülte, 4 Yüksekokul, 1 Devlet Konservatuarı, 13 Meslek Yüksekokulu, 3 Enstitü, 13 Araştırma ve Uygulama Merkezi ile faaliyetlerini sürdürmektedir.