Bitki Koruma Bölümü iki ana bilim dalına ayrılmaktadır.
Entomoloji Anabilim Dalı: Tarım alanlarında zararlı olan böcek, akar (örümcek), nematod türlerinin belirlenmesi, teşhisi, biyolojisi ve bunlara karşı entegre mücadele yöntemlerinin geliştirilmesine yönelik araştırmalar yürütmektedir.
Fitopatoloji Anabilim Dalı: Tarım alanlarında zarar oluşturan virüs, bakteri ve fungus gibi hastalık etmenleri ile yabancı otları ve mücadeleleri araştırılır. Ayrıca virüsten ari turunçgil fidanı yetiştiriciliği ve biyoteknolojik yöntemler kullanılarak hastalık, zararlılara ve çevre faktörlerine dayanıklı bitki çeşitlerin geliştirilmesi konularında da çalışmalar yürütülmektedir.